Mit Wirkung vom 1. Januar 2014 wurden drei der bisherigen vier Universitäten der Region Bordeaux zur neuen „Université de Bordeaux“ zusammengeschlossen. Gleichzeitig wird der bisherige PRES (Pôle de recherche et d'enseignement supérieur) "Université de Bordeaux" in eine neue Gemeinschaft "Communauté d'Universités et d'Etablissements d'Aquitaine" umstrukturiert.
Die Zusammenlegung mehrerer Universitäten einer Region geschieht in Ausfüllung des Gesetzes zu Hochschulen und Forschung, das nach intensiver Befassung der Hochschul- und Forschungsgemeinschaft („Les assises“) am 22. Juli 2013 verabschiedet worden war. Darin ist u. a. geregelt, dass die über Jahrzehnte gewachsene Zersplitterung der Hochschullandschaft Frankreichs reduziert werden soll. In der neuen Universität gehen die bisherigen Universitäten Bordeaux 1 (Natur- und Ingenieurwissenschaften), Bordeaux-Segalen (Medizin und Lebenswissenschaften) und Bordeaux IV (Rechts- und Wirtschaftswissenschaften) auf. Mit nunmehr 45.000 Studenten wird sie die drittgrößte Universität Frankreichs.
Ziel dieser Maßnahme ist, die internationale Sichtbarkeit der neuen Einrichtung zu erhöhen und pluridisziplinäre Studiengänge zu fördern, die zunehmend von Arbeitgebern gefragt sind. Letzteres wird allerdings dadurch erschwert, dass die vierte der bisherigen Universitäten, Bordeaux-Montaigne (Geisteswissenschaften), sich nicht angeschlossen hat und unabhängig bleiben möchte. Auch die Grande École "Science Po" sowie die IPB (Neugruppierung der regionalen Fachhochschulen) bleiben getrennt.
Die Reform ist noch nicht abgeschlossen: zurzeit wird die neue Universität von einem Interimsverwalter geleitet, dem früheren Rektor Jean-Louis Nembrini. Der neu gewählte Verwaltungsrat wird am 17. Januar 2014 einen neuen Präsidenten wählen; hierbei werden dem bisherigen Präsidenten von Bordeaux-Segalen, Manuel Tunon de Lara die größten Chancen eingeräumt. Der Verwaltungsrat muss auch noch die externen Mitglieder berufen, die vor allem die Gebietskörperschaften repräsentieren. Auf Präsident und Verwaltungsrat kommen große Aufgaben zu, denn zur Wahrnehmung der Verantwortung im Rahmen der noch unter der Regierung Sarkozy eingeführten Autonomie der Hochschulen stehen trotz großer Anstrengungen der Regierung Hollande aus Sicht der Hochschulgemeinschaft noch immer nicht genügend Mittel zur Verfügung.
