Deutsch und Dänisch sind gleichberechtigte Unterrichtssprachen an der Sankt Petri Schule. Es wird eine gleichwertige Verteilung beider Sprachen angestrebt.
Die Fächer Deutsch und Dänisch werden von muttersprachlichen Lehrern unterrichtet. Die Unterrichtssprache im Kernfach Mathematik ist auf allen Klassenstufen Deutsch. In den übrigen Fächern ist die Muttersprache des Lehrers Unterrichtssprache.