ADIS - Frühdiagnose der Alzheimer Erkrankung durch Immunprofilierung von cytotoxischen Lymphozyten und Untersuchung von Schlafstörungen - Einzelzell Immunrepertoire und Transkriptom-Sequenzierung

Das Fraunhofer ITEM-R wird in seinem Teilvorhaben durch Immunrepertoire- und Transkriptomsequenzierung von Einzelzellen aus Proben von AD-Patienten im Vergleich zu gesunden Probanden und Patienten mit leichter kognitiver Störung eine tiefgreifende Charakterisierung der peripheren mononukleären Zellen des Blutes und ihres funktionellen Zustands durchführen. Im Einzelnen werden zwei Hauptanalysen durchgeführt: (i) die standardisierte kombinierte Erstellung und Qualitätskontrolle von Einzelzell-sequenzierbibliotheken zur Gesamttranskriptomanalyse und Einzelzellsequenzierbibliotheken zur T-Zell-Rezeptor-Analyse sowie (ii) die Einzelzell-RNA-Sequenzierung zur Identifizierung einzigartiger AD-assoziierter Immun-Subpopulationen. Die Standardisierung der Probenentnahmebedingungen ist von entscheidender Bedeutung bei der Planung von Einzelzell-Omics-Experimenten, um technische Artefakte in den Datensätzen und eine Fehlinterpretation der Ergebnisse zu vermeiden. Daher werden bereits etablierte Kryokonservierungsprotokolle für die scRNA-Sequenzierung angewandt, um Veränderungen in der Genexpressionssignatur einzelner Zellen nach unzureichender Probenlagerung zu vermeiden. Für die Probenanalyse werden robuste Methoden und Pipelines bevorzugt (scRNAseq mit der 10X-Plattform und plattenbasierte Smart-seq2).