CIRM/BMBF RFA 13-05: Einfach zu benutzende, prädiktive molekulare Tests für die Qualitätskontrolle von Stammzellderivaten für den Einsatz als Zelltherapeutika und zur Medikamentenforschung (PluriTest2) - Teilvorhaben: Bioinformatische Modellierung

Aktuell werden von verschiedensten Akteuren weltweit tausende von humanen induzierten pluripotenten Stammzelllinien (hiPSCs) zur Verwendung in der Medikamentenforschung und in der regenerativen Medizin erzeugt. Dies stellt die Qualitätskontrolle und die rationale Auswahl von am besten geeigneten Zelllinien für transplantierbare klinische Zellprodukte und für die Entwicklung neuer Medikamente vor große Herausforderungen. Ziel ist die Lösung dieses Problems durch die Implementierung eines von uns entwickelten benutzerfreundlichen Datenanalysewerkzeuges, welches zur Qualitätskontrolle von auf der hiPSC-Technologie basierenden zellbasierten präklinischen/klinischen Produkten geeignet ist. Dabei wird eine Zertifizierung durch regulatorische Behörden angestrebt. In diesem Vorhaben werden wir miteinander verknüpfte diagnostische Werkzeuge erstellen, die eine Qualitätskontrolle von hiPSC in allen Stadien der präklinischen und klinischen Forschung ermöglichen. Dies werden wir durch die Erarbeitung der folgenden drei Arbeitspakete innerhalb der dreijährigen Förderperiode erfüllen: Ziel 1) Die Erstellung eines RNA-seq PluriTest2 Moduls zur Bestimmung der Pluripotenz (PLURIPOTENCY), zur Einschätzung der genomischen Stabilität (STABILITY) und zur Detektion tumorigener Zellen in differenzierten Stammzellderivaten (SAFETY). Ziel 2) Die Erstellung eines RNA-seq NeuroTest Modul zur Qualitätskontrolle von differenzierten Zellen zur Behandlung neurologischer Erkrankungen. Ziel 3) Die Erstellung einer RNA-seq PluriTest2 HTS Plattform für die Identifikation von optimalen Zellsubstraten für die Hochdurchsatzdurchmusterung von niedermolekularen Wirkstoffkandidaten. Wir werden auf die Weiterentwicklung der PluriTest Technologie zur Auswahl von geeigneten iPSC Zelllinien und deren differenzierten Derivaten für die Suche nach Wirkstoffkandidaten und zelluläre Therapien setzen. Die Messmethode soll von der Microarraytechnologie auf die Hochdurchsatzsequenziermethode RNA-seq umgestellt werden.