Infect-ERA II Call: eDEVILLI - Protein Interaktionen von Zytomegalievierung Genomen - Projektteil WürzburgInfektionsgenomik - Infect-ERA - Runde 2

Bei der Primärinfektion mit einem Virus kommt es in der Regel zu einer ausgeprägte Virusreplikation, die von der Immunantwort des Wirts schnell wieder kontrolliert wird. Einige Viren, darunter Viren aus der Familie der Herpesviren, können dann in Form von chromatinisierter, reprimierter DNA lebenslang in einem Reservoir von latent infizierten Zellen überdauern. Bei beeinträchtigtem Immunsystem kommt es zu Virusreaktivierungen, die in der Folge häufig zu schweren, z.T. lebensbedrohlichen Infektionen führen. Vieles spricht dafür, dass die Entscheidung zwischen einer latenten und einer produktiven Infektion auf Einzellzellebene und innerhalb der ersten paar Stunden nach Infektion fällt. Wir postulieren, dass diese Entscheidung durch das Zusammenspiel von zell-intrinsischen und extrinsischen Faktoren sowie viralen Modulatoren bestimmt wird, die wir im eDEVILLI Konsortium identifizieren und charakterisieren werden. Wir werden ermitteln, ob die Entscheidung zwischen produktiver und latenter Infektion einher geht mit qualitativen, quantitativen und zeitlichen Unterschieden in der Chromatinisierung des viralen Genoms sowie der Zusammensetzung des Virusgenom-assoziierten Proteoms. Hierzu wird dieses Teilprojekt innovative Methoden wie ATAC-seq und EdU-CLAP etablieren bzw. entwickeln, um die Positionierung von Nukleosomen sowie DNA-Protein-Interaktionen der in die Zelle eindringenden viralen DNA zeitlich und auf Nukleotidebene aufzulösen. Integrative Analysen von ATAC-seq, EdU-CLAP und RNA-seq Daten werden zeigen, ob spezifische Muster mit transkriptionaler Aktivität korrelieren. In Kollaboration mit den anderen Projektpartnern unseres Konsortiums werden diese Interaktionen auf Einzelgenomebene mittels modernen Imaging Technologien und Reporterviren bestätigen sowie ihre Rolle in der Regulation von produktiver und latenter Infektion mit siRNA-Knockdowns, Cas9-Genom-Mutagenese und Überexpressionssystemen untersucht.