Verbundprojekt: Ein neuartiger diagnostischer Biosensor für die gegen ALK gerichtete Therapie von nicht-kleinzelligem Bronchialkarzinom; Teilprojekt: In silico Identifizierung und Optimierung von anti-ALK und anti-EML4 Aptameren

EML4-ALK-Fusionsproteine sind ein Biomarker beim nicht-kleinzelligem Bronchialkarzinom. Durch die Entwicklung eines direkten Nachweises mittels Antikörper- oder Aptamer-basierender Biosensoren direkt aus dem Blut von Patienten sollen die Diagnose und die zielgerichtete Therapie wesentlich verbessert werden. Der Biosensor, der auf der Prolinker-Chip-Technologie des Partners InnoPharmaScreen Inc. (IPS) basiert, soll sich gegenüber dem bisherigen Goldstandard, den sog. FISH("fluorescence in situ hypridization")-Analysen, durch höhere Sensitivität, geringere Fehlerrate, günstigere Preise und bessere Handhabbarkeit auszeichnen. AptaIT wird zu dem Projekt durch die Analyse von Aptameren gegen EML4-ALK-Fusionsproteine beitragen, die eine potente Alternative zu antikörper-basierten Detektionsreagenzien sind. Die Identifizierung und Optimierung der Aptamere wird durch hochinnovative bioinformatische Analysen von Next-Generation Sequencing Daten der in vitro Selektionen gegen die Zielproteine erfolgen.