Verbundprojekt: Erschließung neuer bakterieller Produzenten in artenreichen Habitaten Indonesiens - ANoBIn -; Teilvorhaben: Isolation und Charakterisierung neuer mikrobieller Naturstoffproduzenten

1. Vorhabenziel Ziel des Vorhabens ist die Gewinnung von bisher unbekannten Bakterien mit der Fähigkeit zur Synthese neuer Antiinfektiva aus indonesischen Habitaten. Dazu soll eine Forschungspipeline für die Detektion und Isolierung der Mikroorganismen etabliert werden. Die Uni Gießen fokussiert sich dabei auf die Kultivierung neuartiger Vertreter der Verrucomicrobia sowie pflanzen-endophytischer und tierassoziierter Actinobacteria und ist beteiligt an der Kultivierung von Chloroflexi und Gemmatimonadetes, die aus geeigneten natürlichen Proben gewonnen, charakterisiert und als Lebendkultur konserviert werden. Im Rahmen des Teilprojektes sollen des Weiteren Bedingungen für die Kultivierung der gewonnenen bakteriellen Isolaten im Großmaßstab optimiert werden. Das Teilprojekt bietet den indonesischen Partnern Trainingsmöglichkeiten in den deutschen Laboratorien zum Erlernen von Kultivierungstechnologien und der Identifikation und Charakterisierung von Bakterien. 2. Arbeitsplanung Die Arbeiten werden auf bisher kaum untersuchte Bakteriengruppen fokussiert, für die eine potentielle Wirkstoffsynthese bekannt oder wahrscheinlich ist. Als Ausgangsmaterial werden entsprechend mikrobielle Gemeinschaften aus giftigen bzw. ungenießbaren Pflanzen und Tieren, Biofilmen sowie Böden und Gewässern verwendet. Zunächst werden Vertreter der Verrucomicrobia, Actinobacteria und Gemmatimonadetes mit kulturunabhängigen Sequenzierungsverfahren in dem Probenmaterial detektiert. Mit innovativen Hochdurchsatzkultivierungsmethoden werden geeignete Bakterienarten anschließend isoliert und die isolierten Bakterienstämme mittels Hemmtests und Genomsequenzierung charakterisiert. Alle Bakterienstämme werden in Sammlungen hinterlegt und die gewonnenen Daten in gemeinsamen Datenbanken dokumentiert. Über einen bilateralen Workshop und nachfolgende Beratungen mit den indonesischen Partnern werden Regelungen und Verfahrensweisen für die nachfolgende Verwertung der Isolate etabliert.