TEXAS: Entwicklung und Bewertung neuer Technologien für die Antibiotikaresistenzüberwachung

Multiple, horizontal übertragbare Antibiotikaresistenzen stellen Gesundheitssysteme vor große Herausforderungen. Folglich muss das Auftreten von Resistenzgenen und Mobilitätsindikatoren im human- und veterinärmedizinischen Bereich aber auch in der Umwelt überwacht werden. Das Verbundprojekt TEXAS hat es sich zum Ziel gesetzt, neue, besonders effiziente Technologien für die Überwachung zu etablieren und für Nutzer weltweit zugänglich zu machen. Ziel des deutschen Teilprojektes ist es, die Möglichkeiten der digitalen PCR (ddPCR) für die Resistenzüberwachung optimal auszunutzen. Konkret soll die ddPCR als eine Technologie etabliert werden, die es erlaubt, multiple Resistenzen und die potentielle Mobilität von Resistenzgenen quantitativ zu erfassen. Im Gegensatz zu Alternativen kommt die ddPCR-Technologie ohne zeitaufwändige Kultivierungen oder kostspielige Sequenzierungen aus. Vorarbeiten zeigen, dass multiple genotypische Resistenzen und physische Assoziationen zwischen Resistenzgenen und Mobilitätsindikatoren (z.B. Integrons) grundsätzlich detektierbar sind. Jedoch ist zu erwarten, dass Sensitivität und Spezifität von den konkreten genetischen Elementen, deren Integration in die bakterielle DNA und der Probenmatrix abhängen. Vor diesem Hintergrund sollen die anstehenden Forschungsarbeiten das Anwendungsfeld der Technologie abstecken und Vorschläge für künftige Erweiterungen liefern. Um einen unmittelbaren Nutzen für die Überwachung zu generieren, konzentrieren sich die Arbeiten auf die Etablierung und Validierung der Methode für genetischen Elemente, die aus globaler Perspektive von besonderer klinischer Relevanz sind oder absehbar sein werden. Die Identifizierung dieser genetischen Elemente wird über die Kooperation mit den TEXAS-Verbundpartnern gewährleistet. Die Kooperation stellt ebenfalls sicher, dass die mittels ddPCR gewonnenen Resultate unabhängig überprüft werden und erfolgreiche validierte Standardarbeitsanweisungen für Nutzer unmittelbar verfügbar sind.