Austausch von Expertenwissen auf den Gebieten der Genomik und quantitativen Proteomik sowie hinsichtlich der Epidemiologie von Clostridioides difficile

C. difficile ist der häufigste Erreger von Antibiotika-assoziierter infektiöser Diarrhoe in Menschen. Das Bakterium zeichnet sich durch einen geringen Anteil konservierter Genomsequenzen aus. Zwei praktische Konsequenzen dieser Genomplastizität sind die sich ändernde Epidemiologie von C. difficile und das gelegentliche Auftreten von hypervirulenten Stämmen sowie deren Verbreitung. Die Variabilität auftretender Stämme sowie das Auftauchen hypervirulenter Stämme in Entwicklungsländern begründet die Notwendigkeit umfangreicher diagnostischer Methoden, die weltweit zuverlässig eingesetzt werden können. Bisher wird für die klinische Diagnose ein Zytotoxizitätsneutralisationsassay eingesetzt, oder das Bakterium aus Faeces isoliert und auf Toxinproduktion untersucht. Detaillierter kann das Bakterium mit Methoden der Genomik und/oder Proteomik detektiert, charakterisiert und unterschieden werden. Wir nehmen an, dass die phylogenetische Klade C-1 von C. difficile trotz ihrer klinischen Relevanz unterdiagnostiziert ist, und wollen daher toxinogene und nicht-toxinogene Isolate dieser Klade im Projekt charakterisieren und in der Methodenentwicklung einsetzen.