Ehrung erfährt Peter Fratzl für sein Arbeitsgebiet am Max-Planck-Institut für Kolloid- und Grenzflächenforschung: für seine Studien zur Struktur und zu den physikalischen Eigenschaften biologischer Materialien und deren Anwendung in den Materialwissenschaften und der Medizin. So haben seine Arbeiten zum Aufbau und zur Festigkeit des Knochenmaterials Eingang in die Osteoporose-Forschung und in die regenerative Medizin gefunden.
Auf nationaler Ebene ist die Aufnahme in die NAE vergleichbar mit der Mitgliedschaft in der Deutschen Akademie der Technikwissenschaften, kurz acatech, in der Fratzl seit 2013 ebenfalls ordentliches Mitglied ist. In beide Akademien werden nur außergewöhnliche Ingenieure und Wissenschaftler gewählt, die herausragende Beiträge zur Ingenieurwissenschaft geleistet haben. Gleichzeitig übernehmen sie Verantwortung, indem sie Politik und Öffentlichkeit in Fragen des Ingenieurwesens und der Technologie beraten.
Seit 2003 ist Peter Fratzl Direktor der Abteilung Biomaterialien am Max-Planck-Institut für Kolloid- und Grenzflächenforschung.