ERASynBio - Runde 2 - Verbundprojekt: ECFexpress - eine auf ECF (extracytoplasmic function) Sigmafaktoren basierende, orthogonale und organismenunabhängige Expressionsplattform, Teilprojekt Dresden

Durch die hohe Vernetzung und Komplexität zellbasierter biologischer Systeme ist die Implementierung von Orthogonalität immer noch eine der größten Herausforderungen der Synthetischen Biologie. Das Gesamtprojekt hat zum Ziel, orthogonale Expressionsprogramme (z.B. für neuartige Biosynthesewege) in Bakterien zu etablieren. ECF-Sigmafaktoren (ECF-SF) bieten hierfür ideale Voraussetzungen, da sie von Natur aus modular, skalierbar und universell in Bakterien verbreitet sind. Die Ziele dieses Teilprojekts beziehen sich allesamt auf einen der vier verwendeten Modellorganismen, Bacillus subtilis. Hierin soll: - die Funktionalität/OOrthogonalität von ECF-Schalter evaluiert werden - modifizierte ECF-Schalter implementiert werden - ECF-basierte genetische Schaltkreise etabliert werden Desweiteren trägt dieses Teilprojekt zur Entwicklung von allgemeinen Methoden/molekularen Werkzeugen zur Nutzung von ECF-SF als universelle orthogonale Schaltern bei. In den Arbeitspaketen 1 bis 4 werden (1) heterologe ECF-SF in Modellorganismen funktional charakterisiert, sowie Organismen-spezifische Promotorumgebungen identifiziert; (2) ein Set orthogonaler ECF-SF/Promotorpaaren etabliert; (3) ECF-SF basierte Regelkreise analysiert; und (4) Standards gemeinsam mit den Partnern etabliert, welche in einem von einem Partner entwicklelten Datenverwaltungs und -Analysesystem und eine Software zum Design von orthogonalen ECF-SF/ Promotor-Kombinationen eingepflegt werden.