K-STaR: Eine K-mer-basierte Methode für institutionelle AMR Surveillance, Infektionskontrolle und Schnell-Diagnostik

Ziel ist es, im Rahmen des JPI-EC-AMR Joint Transnational Call "Diagnostics and surveillance of antimicrobial resistance: development of tools, technologies and methods for global use" einen neuen sequenzbasierten Ansatz zur schnellen Identifikation von pathogenen Erregern und möglichen Übertragungsereignissen zu entwickeln. Hauptsächlich geht es um die Entwicklung von relevanten Datenbanken und einer Methodik, die die Identifikation schneller macht. Dazu trägt auch ein Sequenzierer bei, der patientennahen Einsatz finden kann. Die Möglichkeit, Antibiotikaresistenz aus den erhaltenen Daten abzulesen, ist ebenfalls gegeben. Die Hauptziele von K-STaR sind (1) die Zusammenstellung einer lokalen und internationalen Datenbank von Gesamtgenomen Gram-negativer Bakterien, die global von Bedeutung sind. Diese Datenbank wird öffentlich auch anderen Wissenschaftlern und für klinische Zwecke zur Verfügung gestellt. (2) Eine lokale und internationale k-mer Datenbank dieser Gram-negativen Bakterien soll erstellt werden, die für die Vorhersage von Antibiotikaresistenz-Phänotypen als auch für Surveillance genutzt werden kann. Diese Datenbank wird ebenso öffentlich anderen Wissenschaftlern und für klinische Zwecke zugänglich gemacht. (3) Die Zuverlässigkeit dieser k-mer Datenbank für die Vorhersage von Antibiotikaresistenz-Phänotyp und genetischer Verwandtschaft für Infektionskontrolle und Surveillance wird mit dem Goldstandard für Phänotyp und Verwandtschaftsverhältnisse verglichen zur Optimierung der Methodik. (4) Die Zuverlässigkeit des k-mer basierten Ansatzes zur schnellen Identifizierung von nosokomialen Übertragungen wird anhand einer Studie auf einer Level-1 neonatologischen Instensivstation getestet, um die Detektion von Übertragungen in Echtzeit zu ermöglichen und Interventionen durchzuführen.