Ausländische Hochschulen müssen hierfür japanische Gastgeber und Gastgeberinnen (Hochschulen, Forschungseinrichtungen oder Firmen) finden, die auch den Antrag stellen. Das Programm wird über die Förderagentur Japan Science and Technology Agency (JST) finanziert und von Japan Science and Technology Exchange Center (JISTEC) durchgeführt. Es bietet Möglichkeiten zur (Re-)Aktivierung von Hochschulpartnerschaften nach dem Ende der Pandemie. Die Antragstellung ist ganzjährig möglich, die Auswahl erfolgt quartalsweise.
Ziel des Sakura Science Programs ist es unter anderem die kontinuierliche Zusammenarbeit, Kooperation und Interaktion zwischen japanischen und ausländischen Bildungs- und Forschungseinrichtungen zu fördern und die Beziehungen zwischen Japan und anderen Ländern zu stärken.