Die Vertragstaatenkonferenz der CBD findet alle zwei Jahre statt und ist das oberste politische Entscheidungsgremium der Konvention. Die letzte Konferenz tagte vom 19. bis 30. Mai 2008 in der UN-Stadt Bonn unter deutschem Vorsitz.
Zu den thematischen Schwerpunkten der Konferenz in Nagoya gehören die Verabschiedung eines Protokolls zum Zugang zu genetischen Ressourcen und einem gerechten Vorteilsausgleich (ABS-Protokoll), die Verabschiedung eines neuen Strategischen Plans der CBD sowie Finanzierungsfragen. Die Abkürzung ABS steht für Access and Benefit Sharing. Damit ist gemeint, dass der Zugang zu den genetischen Ressourcen eines Landes rechtssicher geregelt wird und dass die Herkunftsländer solcher Ressourcen an den Gewinnen, die ein Nutzer erzielt, gerecht beteiligt werden. Ein Beispiel ist die Entwicklung von Medikamenten oder Züchtungen.
Im strategischen Plan der CBD sind konkrete mittel- bis langfristigen Ziele und Prioritäten für den internationalen Biodiversitätsschutz festgelegt. Der aktuelle strategische Plan hat das Ziel, bis 2010 die gegenwärtige Rate des Biodiversitätsverlustes deutlich zu reduzieren. Weil dieses globale 2010-Biodiversitätsziel trotz etlicher Erfolge in einzelnen Bereichen auf regionaler, nationaler und lokaler Ebene insgesamt noch nicht erreicht wurde, soll die internationale Staatengemeinschaft in Nagoya darüber entscheiden, welche Ziele die globale Biodiversitätspolitik von 2011 bis 2020 verfolgen soll.
Mangelnde Finanzierung ist einer der Hauptgründe für den anhaltenden Biodiversitätsverlust. Dies gilt insbesondere für die ärmeren Länder des Südens, die den Großteil der weltweiten Biodiversität beherbergen, aber nicht über ausreichende Mittelfür deren Schutz und nachhaltige Nutzung verfügen. Die große Herausforderung für Nagoya ist es, bei der derzeitigen angespannten Haushaltslage der Mitgliedsstaaten eine glaubwürdige Bereitschaft der Geberländer für eine verbesserte globale Finanzierung des Biodiversitätsschutzes in die Verhandlungen einzubringen.
Deutschland hat mit der Nutzung von Erlösen aus dem europäischen Emissionshandel für den klimarelevanten Biodiversitätsschutz ein innovatives Instrument entwickelt. Die Internationale Klimaschutzinitiatve (www.bmu-klimaschutzinitiative.de) kann ein Modell für die Generierung zusätzlicher finanzieller Mittel für den Biodiversitätsschutz auch in anderen Ländern und Regionen sein.
Neben diesen Schwerpunktthemen werden die Delegierten Entscheidungen zu zahlreichen weiteren Themen treffen, darunter "Schutzgebiete", "Meeresbiodiversität", "Biodiversität und Klimawandel", "Waldbiodiversität", "Biokraftstoffe","Invasive Arten" sowie "Biodiversität und Business".