Zukünftig wollen die Vertragspartner gemeinsame Projektideen und –anträge erarbeiten, Wissenschaftler und Wissenschaftlerinnen austauschen und Tagungen sowie Ausstellungen Hand in Hand realisieren. Die Kooperation mit den ungarischen Institutionen ermöglicht dem GWZO eine enge Anbindung an aktuelle Forschungsfragen in nationalem und internationalem Umfeld, die sich vor allem dem Vorabend der Entstehung des Ungarischen Königreichs vor 1000 n. Chr. widmen.
Am 11. Juli 2018 unterzeichneten Prof. Dr. Christian Lübke, Direktor des GWZO, und Prof. Dr. Elek Benkő, Direktor des Archäologischen Instituts des Geisteswissenschaftlichen Zentrums der Ungarischen Akademie der Wissenschaften (Magyar Tudományos Akadémia, Bölcsészettudományi Központ, Régészeti Intézet), in Leipzig einen langfristig angelegten Kooperationsvertrag.
Bereits am 6. Juni 2018 schloss das GWZO einen Kooperationsvertrag mit dem Balaton Museum (Balatoni Múzeum) in Keszthely. Beide Einrichtungen wollen die archäologischen Ausgrabungen in Keszthely-Fenékpuszta fortsetzen, die sie seit 2009 gemeinsam durchführen.
Langfristig strebt das GWZO weitere Kooperationen etwa mit der Eötvös Loránd Universität (Eötvös Loránd Tudományegyetem) in Budapest sowie dem Ungarischen Nationalmuseum (Magyar Nemzeti Múzeum) an. Aus dieser Zusammenarbeit sollen – gemäß dem Forschungsauftrag des GWZO – gemeinsame Projektideen entwickelt werden, die neben der Archäologie auch die Geschichtswissenschaften, Onomastik und Kunstgeschichte mit einbeziehen und über ihre transdisziplinäre Ausrichtung diachrone Betrachtungen von der Römer- bis in die Neuzeit erlauben. Dabei hat das GWZO für seine zukünftigen Forschungen die Donauländer auch jenseits der heutigen ungarischen Staatsgrenzen im Blick.
Die bislang sechsbändige Buchreihe „Castellum Pannonicum Pelsonense“ wird seit 2010 vom Archäologischen Institut der Ungarischen Akademie der Wissenschaften in Budapest, dem Leibniz-Institut für Geschichte und Kultur des östlichen Europa (GWZO) sowie dem Balaton Museum gemeinsam herausgegeben. Die ersten drei Bände legen die Ergebnisse des ungarisch-deutschen Forschungsprojektes „Kontinuität und Migration in und um Keszthely-Fenékpuszta von der Spätantike bis zum 9. Jh.“ (2006-2009) vor. Ab Band 4 stehen in Monographien und Sammelbänden archäologische Forschungsthemen der westlichen Balaton-Region im Fokus.