Nebst dem Kernanliegen, die Innovationskraft und Innovationsneigung von KMU zu stärken, ist auch die Einführung einer systematischen Wirkungsprüfung ein Thema. Weiter werden Schwerpunkte definiert, welche die Innosuisse bei der Wahrnehmung ihrer gesetzlich festgeschriebenen Aufgaben zu berücksichtigen hat. So ist der Hauptteil des Budgets weiterhin für die Förderung von Innovationsprojekten einzusetzen. Es wird zudem vorgegeben, dass Massnahmen implementiert werden, damit wissenschafts- und technologiebasierte Start-ups mit hohem Wachstumspotenzial ein stärkeres und nachhaltiges Wachstum erreichen können. Dies im Hinblick auf den Erhalt und die Schaffung von Arbeitsplätzen in der Schweiz.
Der Bereich Kooperationen und Beteiligungen umfasst drei Zielfelder: Bei der Integration der Innosuisse ins nationale Fördersystem geht es einerseits um die Zusammenarbeit mit dem Schweizerischen Nationalfonds. Die Resultate der Grundlagenforschung sollen dadurch vermehrt für die anwendungsorientierte Forschung und Innovationsförderung genutzt werden. Andererseits ist die Zusammenarbeit mit nationalen sowie regionalen und kantonalen Akteuren der Innovationsförderung weiter zu stärken. Im Weiteren soll die Innosuisse im internationalen Bereich bestimmte Aufgaben übernehmen. So hat sie im Hinblick auf Kooperationen mit ausländischen Förderorganisationen und Förderstellen eine Strategie auszuarbeiten. Auch soll sie ihre Fachexpertise und Förderkompetenz für die Anliegen der Wissenschaftsaussenpolitik der Schweiz einbringen.
Auf unternehmensbezogener Ebene geht es in erster Linie darum, die Organe, Strukturen und Prozesse, wie sie nach der Umwandlung von der früheren Kommission in die öffentlich-rechtliche Anstalt eingeführt wurden, zu konsolidieren und für einen reibungslosen, effizienten und wirtschaftlichen Betrieb zu sorgen. Auf finanzieller Ebene wird unter anderem eine Obergrenze für die Höhe der Funktionskosten definiert. Weiter erwartet der Bundesrat, dass die Innosuisse Drittmittel beschafft.
Die Innosuisse ist eine öffentlich-rechtliche Anstalt des Bundes mit eigener Rechtspersönlichkeit. Sie ist in ihrer Organisation und Betriebsführung selbstständig und führt eine eigene Rechnung. Der Bundesrat führt die Innosuisse mit strategischen Zielen. Diese sind aktuell auf die Botschaft zur Förderung von Bildung, Forschung und Innovation in den Jahren 2017-2020 abgestimmt. Die operative Umsetzung wird von der Innosuisse selbstständig verantwortet. Die Aufsicht des Bundesrates erfolgt durch die jährliche Überprüfung der Erreichung der strategischen Ziele auf Basis der Berichterstattung des Verwaltungsrates. Der Bundesrat hat dazu Indikatoren und Kennzahlen vorgegeben.
