Verbundprojekt: Entwicklung eines Epigenetik-basierten Bluttests zur Detektion einer Immunsuppression in Patienten mit Sepsis; Teilprojekt: Validierung der epigenetischen Biomarkersignatur

Im Rahmen des SEPSDIA Projekts wird, basierend auf einem vielversprechenden Set spezifischer epigenetischer Modifikationen an immunologisch relevanten Genen, ein in vitro-Bluttest zur Erkennung von Immunsuppression bei Sepsispatienten entwickelt. Basis von SEPSDIA sind epigenetische Biomarker, die am Universitätsklinikum Heidelberg identifiziert wurden. Der Test beruht auf epigenetischen Histonmodifikationen an immunologisch relevanten Genregionen. Aufgabe von oncgnostics im Rahmen von SEPSDIA ist es, die DNA-Methylierung dieser Genregionen zu untersuchen und zu charakterisieren. Die Erkenntnisse aus diesem Teilprojekt dienen als Absicherung der Markergensignatur, um einen alternativen Nachweis der Marker zu ermöglichen. Oncgnostics wird für die basengenaue Analyse der DNA-Methylierung der Markergenregionen entsprechendes diagnostisches Material, nämlich Blut, aufarbeiten und DNA isolieren. Anschließend wird die DNA-Methylierung nach chemischer Behandlung der DNA und Amplifikation durch geeignete PCR-Reaktionen in einem "Next Generation Sequencing"-Ansatz untersucht. Vergleichend wird Blut aus gesunden Probanden sowie aus Patienten, die akut operiert werden, auf die gleiche Weise aufgearbeitet und analysiert. Aus dem Vergleich der aus der NGS erhaltenen DNA-Methylierungsmuster lassen sich PCR-basierte Assays für die Markerregionen ableiten. Diese werden als Grundlage für die Entwicklung von Nachweisassays genutzt.