Infect-ERA II Call: CampyRNA - Untersuchung von regulatorischen RNAs in den frühen Phasen von Campylobacter Infektionen (Teilprojekt Sharma)

Bakterielle Infektionen stellen eine dynamische Interaktion zwischen Pathogen- und Wirtsantwort dar. Zunehmen werden nicht-kodierende RNAs (ncRNAs) als wichtige posttranskriptionale Genexpressionsregulatoren in Infektionen erkannt: Auf der bakteriellen Seite beinhaltet dies kleine regulatorische RNAs (sRNAs), die meist als Antisense-RNAs zur Kontrolle von Genen der Stressantwort oder Virulenz agieren. Auf der Wirtsseite sind es MikroRNAs, die posttranskriptional zelluläre Boten-RNAs reprimieren und als wichtige Regulatoren von Immunantwort-Signalwegen im Verlauf bakterieller Infektionen wirken. In unserem Juniorkonsortium werden wir Campylobacter jejuni, die zur Zeit häufigste Ursache bakterieller Lebensmittelvergiftungen, als Modelorganismus nutzen, um die Rolle von ncRNAs von Pathogen und Wirt in den Anfangsphasen der Infektion zu untersuchen. Um ein besseres Verständnis von ncRNAs zu erhalten, welche die ersten Phasen der C. jejuni Infektion regulieren, z.B. die Adhäsion an und Invasion in Epithelzellen, werden wir Hochdurchsatzmethoden und Einzelzell-Mikroskopietechniken verwenden. Mein Teilprojekt im Konsortium wird sich auf die Identifizierung und funktionale Charakterisierung der bakteriellen sRNAs, welche die Anfangsphasen der C. jejuni Infektion regulieren, sowie auf deren Zielgene konzentrieren. Innerhalb des CampyRNA-Konsortiums wird sich mein Labor auf folgende Aufgaben konzentrieren: 1. RNA-Seq-basierte Identifizierung von bakteriellen sRNAs, welche während der in-vitro Infektion von Wirtszellen mit C. jejuni unterschiedlich exprimiert und reguliert sind 2. Transposonmutagenese und Hochdurchsatzsequenzierung von Mutantenpools (Tn-Seq) zur Identifizierung bakterieller Gene, insbesondere sRNAs, welche für die in-vitro Infektion von Epithelzellen essentiell sind 3. Funktionale Charakterisierung ausgewählter bakterieller sRNAs und deren Rolle in der Virulenzkontrolle 4. Einzelzell-Charakterisierung der Rolle ausgewählter C. jejuni sRNAs in der Infektion