ERASynBio - Runde 1 - Intensify - Intensivierung des synthetisch biologischen Designprozesses

Das Ziel des Kooperationsprojektes "Intensify" ist es, den Designprozess von synthetisch biologischen Anwendungen zu intensivieren. Es soll ein Verfahren entwickelt werden, welches ein effizientes Design biologischer Bausteine ermöglicht. Hierzu soll in einem umfassenden Ansatz die Sequenz eines informationstragenden Biomoleküls mit ihrer Funktionalität gekoppelt werden. Realisiert wird dies über die Implementierung der IODA-Technologie (Integration of the Determination of DNA sequence and function). Diese basiert auf Hochdurchsatzsequenzierung, die mit einer funktionellen Charakterisierung der jeweiligen Sequenzen gekoppelt wird. Dies ermöglicht, eine große Anzahl biologischer Bausteine parallel zu analysieren sowie Bausteine mit definierten, für eine bestimmte Anwendung optimierten Eigenschaften zeit- und kostengünstig zu entwickeln. WP2 beschäftigt sich mit einer umfassenden quantitativen Analyse des Einflusses der Struktur eines RNA Schalters auf dessen Funktion und ist dabei in vier Aufgabenbereiche aufgeteilt: 2.1:Optimiertes Design für die Verbesserung allosterisch kontrollierter Ribozyme (Q1 und Q2) 2.2: Evaluierung der unterschiedlichen Strategien zum Aptazym-Design (Q2 bis Q6) 2.3: Optimiertes Design für das Screening von Riboswitchen mit veränderter Ligandenspezifität (Q1 und Q2) 2.4: Entwicklung eines synthetischen RNA Schalters durch Verändern der Ligandenspezifität des Adenin-Riboswitches (Q7 bis Q12).