Die im Sommer 2018 eingerichtete Außenstelle des Collegium Carolinum in Prag hat die doppelte Funktion, Forschungsprojekte in Zusammenarbeit mit tschechischen Kooperationspartnern anzustoßen und deutsche Forschungen in Tschechien zu vermitteln. In wechselnden Kooperationen mit wissenschaftlichen und kulturellen Einrichtungen veranstaltet die Außenstelle Veranstaltungsreihen, Workshops und Tagungen.
Das Collegium Carolinum in Prag arbeitet eng mit der Außenstelle des Deutschen Historischen Instituts Warschau zusammen, mit der sie sich auch die Büroräume teilt. Beide Einrichtungen kooperieren eng mit der Tschechischen Akademie der Wissenschaften.
Das Collegium Carolinum ist ein An-Institut der LMU München und widmet sich der Geschichte und Kultur Tschechiens und der Slowakei im europäischen und speziell ostmitteleuropäischen Zusammenhang. Mit diesem in Deutschland einzigartigen geografischen Schwerpunkt bündelt es in Forschung und Lehre sowie als Ort der Vernetzung die Tschechien- und Slowakeikompetenz in Deutschland.