Gerade für kleine und mittlere Unternehmen ist die Teilnahme an europäischen Förderprogrammen häufig eine Herausforderung: Die Anforderungen von der Registrierung des Unternehmens bis zur Antragseinreichung sind komplex, der Antrag muss neben dem Tagesgeschäft erstellt werden, zudem in englischer Sprache. KMU fehlen hier häufig sowohl die finanziellen als auch die zeitlichen Ressourcen. Umfassende Beratung und Unterstützung erhalten Unternehmen bei den Nationalen Kontaktstellen sowie bei den regionalen Kontaktstellen des Enterprise Europe Network.
Einige Bundesländer bieten Unternehmen darüber hinaus eine finanzielle Unterstützung bei der Antragstellung für Horizont 2020 an. Diese richten sich vorrangig an kleine und mittlere Unternehmen und können zumeist in Form eines Innovationsgutscheins bzw. einer Prämie in Anspruch genommen werden. Die NKS KMU gibt auf ihren Seiten einen Überblick über die aktuellen Fördermöglichkeiten in den Bundesländern.