FLAG-ERA setzt sich aus regionalen und nationalen Förderorganisationen (NRFOs) in Europa zusammen. Das Ziel ist, die FET (Future Emerging Technologies) Flagship Initiativen „Graphene“ und „Human Brain Project (HBP)“ zu fördern. FLAG-ERA trägt zu diesen beiden Flagship Initiativen bei und bietet den vier nicht ausgewählten „flagship pilot studies“ die Möglichkeit, sich zu entwickeln und sie hierbei mit entsprechenden Mitteln zu unterstützen. FLAG-ERA wird als eine Reihe von ERA-NET-Projekten durchgeführt.
FLAG-ERA II ist das zweite ERA-NET-Projekt, das von Oktober 2016 bis September 2021 lief. Es folgte auf das erste ERA-NET-Projekt FLAG-ERA, das von Oktober 2013 bis September 2016 dauerte. FLAGERA II wurde als ERA-NET Cofund umgesetzt.
FLAG-ERA III ist das dritte ERA-NET-Projekt, das im Dezember 2018 für einen Zeitraum von 5 Jahren begann.