Missionen sind EU-weite Forschungs- und Entwicklungsinstrumente, die ehrgeizige Ziele zur Bewältigung aktueller gesellschaftlicher Herausforderungen durch interdisziplinäre Innovationen angehen. Die Missionen nutzen Synergien mit anderen Instrumenten innerhalb und außerhalb des Europäischen Rahmenprogramms, beispielsweise durch Kooperationen mit thematisch passenden Europäischen Partnerschaftsinitiativen oder nationalen Initiativen. Insgesamt wurden 5 konkrete Missionen definiert, die ihre Ziele bis 2030 erreichen sollen:
- Krebsbekämpfung
- Anpassung an den Klimawandel
- Gesunde Ozeane und Gewässer
- Klimaneutrale und intelligente Städte
- Ein "Bodendeal" für Europa
Zu den verschiedenen Ausschreibungen der Missionen beraten die offiziell nominierten Nationalen Kontaktstellen für Horizont Europa.