Auf Anregung des damaligen Bundeskanzlers Dr. Helmut Kohl wurde die SAFRI im Mai 1996 als Südliches Afrika Initiative der Deutschen Wirtschaft von den führenden deutschen Wirtschaftsverbänden ins Leben gerufen. Erklärtes Ziel war es, das Interesse der deutschen Außenwirtschafspolitik auf das südliche Afrika zu lenken, um dieses auf der wirtschaftspolitischen Weltkarte Deutschlands zu positionieren.
Das eigentliche Gründungsereignis fand im Oktober 1998 auf einer richtungsweisenden Konferenz in Windhuk, Namibia statt. Unter dem Vorsitz von Prof. Dr. h.c. Jürgen E. Schrempp und in Zusammenarbeit mit dem Sekretariat der Southern African Development Community (SADC) wurde in Form einer abschließenden Erklärung die „Declaration of Windhoek“ – das inhaltliche Gründungsdokument von SAFRI – verabschiedet.
Mit Beginn des Jahres 2015 entschieden sich die SAFRI-Träger, ihre Kooperation zu vertiefen und die Regionalinitiative auf alle Länder Subsahara-Afrikas auszuweiten.
