Studierende des „Joint Degree Master of Arts Program in Transcultural Studies“ erhalten einen von beiden Partnern verliehenen MA-Abschluss. Getragen wird das Graduiertenprogramm vom Heidelberg Center for Transcultural Studies (HCTS) und der Graduate School of Letters auf Seiten Kyotos. Studierende in Heidelberg können sich erstmals im Herbst 2017 um einen entsprechenden Studienplatz bewerben. Es ist nicht nur der erste von der Universität Kyoto etablierte Joint Degree dieser Art, sondern auch das erste Doppelabschluss-Programm, das in Japan in den Geistes- und Sozialwissenschaften zusammen mit einem internationalen Partner angeboten wird.
Das englischsprachige Graduiertenprogramm läuft über zwei Jahre. Die insgesamt zehn Teilnehmer eines Jahrgangs – fünf in Heidelberg und fünf in Kyoto eingeschriebene Studierende – studieren jeweils ein Jahr an ihrer Heimatuniversität und im zweiten Jahr an der Partnerhochschule. Das Programm schließt mit einer Masterarbeit in englischer Sprache ab. Für den Aufenthalt in Kyoto stehen fünf Stipendien des Deutschen Akademischen Austauschdiensts zur Verfügung.
Heidelberg und Kyoto sind desweiteren Gründungsmitglieder des japanisch-deutschen Universitätskonsortiums HeKKSaGOn, dessen Partner in Forschung und Lehre kooperieren. Dem Konsortium gehören zudem das Karlsruher Institut für Technologie und die Universität Göttingen sowie die Tohoku University und die Osaka University an.