Die Ausgaben für Forschung und Entwicklung in Indonesien belaufen sich auf weniger als 0,1% des Bruttoinlandsprodukts. Das Gros der Forschungsgelder kommt aus dem Staatshaushalt und wird von den Ministerien an staatliche Forschungseinrichtungen für meist angewandte Forschung vergeben. Forschungsprojekte sind auf ein bis zwei Jahre begrenzt. Kaum ein Forschungsvorhaben, das in diesem Jahr bewilligt wurde, ist mit Mittel von mehr als 100.000 US Dollar ausgestattet, zu wenig um beispielsweise eine moderne Laborausstattung zu finanzieren.
Die Mittel des Indonesian Science Fund als unabhängige Einheit unter der Indonesischen Akademie der Wissenschaften sollen sowohl aus staatlichen als auch aus nicht-staatlichen Quellen kommen. Für 2016 hat das Finanzministerium 9 Millionen US Dollar zur Verfügung gestellt. Mit den Mitteln soll Grundlagenforschung in den Bereichen Astronomie, Geowissenschaften, Klima, Lebenswissenschaften, Gesundheit, Informatik und Materialwissenschaften auf kompetitiver Basis gefördert werden. Erfolgreiche Projektanträge können bis zu 300.000 US Dollar beantragen. Als weitere wichtige Neuerung sind die Forschungsgelder nicht mehr an Haushaltsjahre gebunden und können über mehrere Jahre vergeben werden.
