Infect-ERA II Call: ERASE - Speziesübergreifende Evaluierung viraler RNA und DNA bindender Proteine - Projektteil MPI

Viren sind die meist verbreitetsten Pathogene auf der Welt. Von Viren verursachte Krankheiten gehören zu den häufigsten Todesursachen weltweit. Die Erkennung von viralen Infektionen durch zelluläre Proteine ist von fundamentaler Bedeutung, damit das angeborene Immunsystem Viren abwehren kann. Während der letzten Jahre ist unser Wissen über die zelluläre Erkennung viraler Infektionen enorm gewachsen. Meist werden Viren durch zelluläre Proteine erkannt, die virale RNA und DNA selektiv detektieren. Das Ziel dieses Antrages ist es das Repertoire von zellulären Proteinen zu identifizieren, welches virale RNA und DNA bindet, und zu evaluieren ob diese Proteine antivirale Funktionen besitzen. Da das angeborene Immunsystem zwischen Spezies konserviert ist, werden wir die Analysen zur Identifikation und funktionellen Charakterisierung in verschiedenen Spezies (von Fliege bis Mensch) durchführen. Wir erwarten mithilfe dieser Methode Proteine zu identifizieren, die in der Zukunft für antivirale Therapien beim Menschen eingesetzt werden können. Dieses Ziel ist nur durch die Kooperation und durch die Aufgabenteilung innerhalb des ERASE-Konsortiums möglich. Unser Aufgabenbereich in dieser Kooperation liegt in der massenspektrometrischen Identifikation von Proteinen, die virale RNA bzw. DNA binden. Wir werden dies in fünf verschiedenen Spezies durchführen (Fliege, Nematoden, Vogel, Maus, Mensch). Zusätzlich werden wir Kandidatenproteine funktionell in humanen und murinen Zellen charakterisieren. Für die Identifikation verwenden wir Affinitätsaufreinigungen und "protein correlation profiling", gefolgt von massenspektrometrischen Analysen. Die funktionelle Charakterisierung beinhaltet (i) die massenspektrometrischen Untersuchungen der zellulären Interaktionspartner, (ii) siRNA mediierten knockdown gefolgt von Virus-Wachstumsassays, (iii) Expression von rekombinanten Proteinen in E.Coli, molekulare Aufklärung von Bindungsmechanismen und Affinitätsmessungen zwischen RNA und Proteinen.