Verbundprojekt: ERA-Net: Entwicklung neuer diagnostischer Alternativen für den wichtigen Durchfallerreger enteroaggregative Escherichia coli; Teilvorhaben: Vergleichende und funktionale Genomanalyse von EAEC Isolaten

Durchfallerkrankungen sind weltweit wichtige Infektionserkrankungen, die mit einer beträchtlichen Kindersterblichkeit in Entwicklungsländern und auch in Industrieländern mit Morbidität und erheblichen Gesundheitskosten verbunden sind. Enteroaggregative Escherichia coli (EAEC) sind einer der wichtigsten Erreger akuten Durchfalls in Entwicklungs- und Industrieregionen. Der Goldstandard für den Nachweis von EAEC ist bisher die Erkennung des so genannten "Stacked Brick" Adhärenzphänotyps der Bakterien an HEp2-Zellen. Molekulare Techniken wurden entwickelt, um pathogene EAEC-Stämme anhand verschiedener Virulenzmarker nachzuweisen. Es wurde jedoch noch keine diskriminative Markerkombination beschrieben, bei der EAEC-Markergene eindeutig mit der bakteriellen Pathogenität korrelieren. Unser Ziel ist es daher, die diagnostische Sensitivität für EAEC zu erhöhen. Die Sequenzierung kompletter Genome einer größeren Anzahl gut definierter klinischer Isolate in Kombination mit vergleichenden genomischen Analysen sollen Marker identifizieren, die zur Verbesserung der EAEC Detektion und Risikobewertung verwendet werden können. Darüber hinaus sollen die Variabilität und Funktionalität der sogenannten "Aggregative Adhärenz Fimbrien" (AAF), einem bedeutenden EAEC Virulenzfaktor, bei EAEC verglichen und analysiert werden. Das erwartete Ergebnis des Projekts ist eine verbesserte molekular-epidemiologische Charakterisierung von EAEC und die Identifizierung und Verifizierung neuer diskriminierender Marker für eine zuverlässige Risikobewertung der EAEC.