Verbundprojekt: Genomische Epidemiologie von Clostridium difficile in Lateinamerika. Teilprojekt: DSMZ

Innerhalb des Projektes mit den Partnern aus Chile und Costa Rica werden neue Erkenntnisse zum besseren Verständnis der Populationsstruktur, der Übertragungswege und der Antibiotikaresistenzen von C. difficile in Lateinamerika erforscht. Ziele des Projekts sind i) mindestens 500 C. difficile Isolate zu typisieren, ii) die Sensitivität der Isolate gegenüber Antibiotika zu testen, bei deren Einsatz C. difficile Infektionen (CDI) auftreten oder die zur CDI-Behandlung eingesetzt werden, iii) mindestens 300 Genomsequenzen in nicht geschlossener Form (Drafts) zu gewinnen, iv) aus diesen 30 repräsentative Genotypen auszuwählen und hierfür geschlossene und komplette Genomsequenzen zu ermitteln, v) die sequenzierten C. difficile Isolate mittels multilocus sequence typing (MLST) und phylogenetischer Analysen des Core-Genoms zu klassifizieren, vi) die gewonnenen Genome auf das Vorkommen von Virulenzfaktoren zu analysieren und vii) die vorhandenen Resistenzgene zu identifizieren. Auf der Grundlage dieser Arbeiten sollen eine umfangreiche Datenbank mit Genomsequenzen von C. difficile Isolaten aus Lateinamerika etabliert und spezifische Merkmale verschiedener Stämme ermittelt werden.