Die Übertragung von Aufgaben zur Implementierung von Horizont Europa auf die Exekutivagenturen soll es der Europäischen Kommission ermöglichen, sich vorrangig auf ihre forschungspolitischen, forschungsstrategischen sowie programmplanerischen Tätigkeiten und Aufgaben zu konzentrieren. Sie wird weiterhin die von den Exekutivagenturen verwalteten Maßnahmen kontrollieren und verantworten. Die neuen Agenturen, die teils auf Vorgängern gründen, sind:
European Climate, Infrastructure and Environment Executive Agency (CINEA, vormals INEA): Die Europäische Exekutivagentur für Klima, Infrastruktur und Umwelt wird Cluster 5 (Climate, Energy and Mobility) unter Säule II von Horizont Europa verwalten.
European Research Executive Agency (EREA, vormals REA): Die Europäische Exekutivagentur für die Forschung wird verwalten: Säule I: Marie-Skłodowska-Curie-Aktionen; Forschungsinfrastrukturen; Säule II: Cluster 2 (Culture, Creative and inclusive society); Cluster 3 (Civil security for society); Cluster 6 (Food, bioeconomy, natural resources, agriculture and environment); Horizon Europe Horizontal Programme: Spreading excellence and widening participation; Reforming and enhancing the European Reseach & Innovation System. Zum Portfolio der EREA gehört unter anderem auch die Umsetzung des Research Fund for Coal and Steel. Weiterhin ist die EREA für allgemeine administrative und logistische Unterstützungsdienste zuständig. Dazu gehörden der Zentrale Validierungsdienst (Single Electronic Data Interchange Area SEDIA), die Planung von Ausschreibungen und das Management von Begutachtungen.
European Innovation Council and SMEs Executive Agency (EISMEA, vormals EASME): Die Europäische Exekutivagentur für den Innovationsrat und für KMU (vormals EASME) wird den Europäischen Innovationsrat und die European Innovation Ecosystems (Säule III) verwalten. Die Bereiche der Research Executive Agency (REA), die in Horizont 2020 für die FET Open und FET Proactive zuständig waren, werden ebenfalls in die neue Agentur integriert.
European Education and Culture Executive Agency (EACEA): Die Europäische Exekutivagentur für Bildung und Kultur wird das Creative Europe Programme und Erasmus verwalten.
European Research Council Executive Agency (ERCEA): Die Europäische Exekutivagentur für den Europäischen Forschungsrat wird weiterhin das Exzellenzprogramm ERC unter Säule I verwalten.
Neu ist die European Health and Digital Executive Agency (EHDEA), die Cluster 1 (Health) und Cluster 4 (Digital, industry and space) verwalten wird. Weitere Aufgabenbereiche sind das Programm für öffentliche Gesundheit EU4Health, das Digital Europe Programme und die Connecting Europe Facility.
Die Abwicklung und Verwaltung von Projekten und Fördermaßnahmen aus dem 7. Rahmenprogramm und aus Horizont 2020 wird von den neuen Agenturen weitergeführt.
