Mit dem Eugen und Ilse Seibold-Preis werden japanische und deutsche Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler ausgezeichnet, die in besonderer Weise zum Verständnis des jeweils anderen Landes beigetragen haben. Der mit etwa 10.000 Euro dotierte Preis wird alle zwei Jahre jeweils an einen deutschen und einen japanischen Wissenschaftler verliehen. In besonderen Fällen kann auch ein Forscherteam ausgezeichnet werden. Die Preise werden für besondere Leistungen auf allen Wissenschaftsgebieten vergeben, jedoch im Turnus wechselnd zwischen den Geistes- und Sozialwissenschaften und den Naturwissenschaften, einschließlich Biowissenschaften und Medizin.
Die Mittel für den Preis stammen aus einem von Eugen und Ilse Seibold gestifteten Fonds. Der Meeresgeologe Professor Eugen Seibold wurde 1994 gemeinsam mit dem amerikanischen Umweltschützer Lester Brown mit dem "Blue Planet Prize" der japanischen Asahi Glas-Stiftung, dem mit 400.000 Euro weltweit höchstdotierten Umweltpreis, ausgezeichnet. Von dem Preisgeld haben Eugen Seibold, der von 1980 bis 1985 Präsident der Deutschen Forschungsgemeinschaft war, und seine Frau Dr. Ilse Seibold der Deutschen Forschungsgemeinschaft 150.000 Euro zur Begründung eines Fonds gestiftet. Die Erträge des "Eugen-und-Ilse-Seibold-Fonds" dienen der Förderung der Wissenschaft und der Verständigung zwischen Deutschland und Japan.
