Wie das Onlinemagazin Educpros schreibt, habe die Tragödie um Charlie Hebdo ganz Frankreich getroffen, die universitäre Gemeinschaft jedoch insbesondere. Sie sehe sich in ihren Grundfesten erschüttert. "Wir sind als Bürger betroffen, aber auch als Universitätsmitglieder. Ohne Freiheit gibt es keine Universität. Die Universität zeichnet sich durch die Freiheit zu denken, zu forschen, zu lehren und zu publizieren aus. Auch das wollte man durch den Anschlag auf Charlie Hebdo töten.", sagte Alain Beretz, Präsident der Universität Strasbourg.
Das französische Ministerium für Bildung, Hochschulwesen und Forschung hat einen Ausschnitt der zahlreichen Gedenkmomente an den Hochschulen veröffentlicht. Auch die Forschungseinrichtungen wie CNRS, CEA oder das Institut Pasteur teilen ihr Mitgefühl und ihre Trauer öffentlich mit. An vielen Hochschulen wurden die aktuell laufenden Prüfungen des Wintersemesters für die Schweigeminute am 8. Januar und Gespräche zwischen Lehrenden und Studierenden über die Ereignisse unterbrochen.
Sciences Po Toulouse und die Universität Paris 8 trauern um den Bernard Maris, der ebenso Wissenschaftler wie Redaktionsmitglied bei Charlie Hebdo war. Er gehörte zum Abschlussjahrgang 1968 von Sciences Po Toulouse und promovierte 1975 in Wirtschaftswissenschaften an der Universität Toulouse 1. 1994 wurde er zum Universitätsprofessor berufen und lehrte bei Sciences Po Toulouse und an der Universität Paris 8. Er arbeitete als Journalist für mehrere Zeitungen und war u.a. 1992 bis 2008 stellvertretender Leiter der Redaktion. Die Alumni von Sciences Po Toulouse haben für "Onkel Bernard", so lautete sein Pseudonym bei Charlie Hebdo, ein virtuelles Kondolenzbuch eingerichtet. Die Universität Paris 8 wird ihren neuen Salle des thèses nach Bernard Maris benennen.
Weiterhin betrauert die Hochschulagentur Campus France besonders den Tod von Elsa Cayat, der einzigen Frau, die bei dem Anschlag auf die Redaktion am 7. Januar ums Leben kam. Die Psychiaterin und Psychoanalytikerin ist die Schwester von Béatrice Khaiat, einer der Mitgründerinnen und heute stellvertretenden Direktorin von Campus France. Die Agentur postete auf ihrer Website: "Charlie Hebdo ist eine Art Institution in Frankreich, die Humor und Spott zu einer Kunst erhoben hat. Aber zuallererst ist es eine ebenso laizistische wie zutiefst tolerante Zeitung, die Zeitung aller Brüderlichkeiten. Und bei Campus France, auch wenn wir weniger lustig sind als Charlie, sind Toleranz und Brüderlichkeit auch unser Job."
