Die Partnerschaft verfolgt eine strategische Forschungs- und Innovationsagenda, die über einen Zeitraum von zwei Jahren unter Beteiligung aller relevanten Akteure entwickelt wurde. Das BfR ist in der Partnerschaft für die Entwicklung und Umsetzung von Maßnahmen für die Kommunikation, Verwertung, Schulung und Verbreitung der Forschungsergebnisse verantwortlich. Ergänzend zur Stärkung der internen Kommunikation zwischen den Mitgliedern der Partnerschaft sollen Kontakte zu einer Vielzahl weiterer relevanter Akteure und Interessengruppen aufgebaut werden. Dies soll dazu beitragen, dass die Ergebnisse über die Grenzen der Partnerschaft hinaus genutzt werden und die europäische Zusammenarbeit beim Erreichen wissenschaftlicher Exzellenz in den verwandten Bereichen gestärkt wird. Zudem ist das BfR von Beginn an als Forschungspartner aktiv beteiligt, um neue Verfahren zur Bekämpfung infektiöser Risiken zu entwickeln.
Zu den Themen der Europäischen Partnerschaft zählen Infektionskrankheiten von Land- und Wassertieren sowie gesundheitliche Risiken durch Zoonosen wie Vogelgrippe. Weitere Schwerpunkte liegen auf dem Einsatz von antimikrobiellen Mitteln und der Gewährleistung des Tierwohls in jeder Lebensphase. Für das Gesamtprojekt stehen 360 Millionen Euro zur Verfügung, jeweils zur Hälfte von der EU (Forschungs- und Innovationsprogramm Horizont Europa) und den Partnereinrichtungen finanziert.
