Die AFB soll die Mittel des Staates bündeln, um Projekte für Biodiversität zu unterstützen und wird daher zentraler Ansprechpartner für alle Akteure der Biodiversität, wie zum Beispiel Kommunen, Unternehmen oder Vereine. Die Agentur wird technische Unterstützung und Beratung anbieten und die französischen Akteure der Biodiversität und der Gewässer in den internationalen Gremien vertreten. Sie wird weiterhin die Schutzgebiete verwalten und Aufgaben als Wasserschutzpolizei wahrnehmen. In ihrer Funktionsweise orientiert sie sich an der Agentur für Umwelt- und Energiewirtschaft (Agence de l’Environnement et de la Maîtrise de l’Énergie, Ademe), die sich für nachhaltige Entwicklung einsetzt.
Der kanadische Atom- und Astrophysiker Hubert Reeves ist Pate der neuen Agentur und der Biologe Gilles Bœuf wurde zum wissenschaftlichen Berater ernannt. Die AFB wird vier bereits existierende Einrichtungen zusammenführen: das nationale Büro für Wasser und Gewässer (Office national de l’eau et des milieux aquatiques, Onema), das Netzwerk für Landschaftsräume (Atelier technique des espaces naturels, ATEN), die Agentur für Meeresschutzgebiete (Agence des aires marines protégées) sowie die Vertretung der französischen Nationalparks (Parcs nationaux de France). Perspektivisch soll auch das Nationale Büro für Jagd und Wildtiere (Office national de la chasse et de la faune sauvage) in der AFB aufgehen.
Im Juni wird eine erste Projektausschreibung zum Thema "Wasser und Biodiversität" in Höhe von 60 Millionen Euro veröffentlicht. Insbesondere Projekte aus den Bereichen Bionik und Eco-Engineering sind zur Bewerbung aufgerufen.
Die AFB ist eine der Kernmaßnahmen des Gesetzentwurfs für Biodiversität, der seit Montag, 16. März 2015, im Parlament debattiert wird. Das Gesetz sieht zahlreiche Maßnahmen für den Schutz der Biodiversität vor, unter anderem beispielsweise die Erweiterung des Artenschutzes oder die Abschaffung von nicht wieder verwendbaren Plastiktüten. Staatspräsident François Hollande hatte die Gründung der Agentur im September 2012 angekündigt.
