Verbundprojekt: Ein neuartiger diagnostischer Biosensor für die gegen ALK gerichtete Therapie von nicht-kleinzelligem Bronchialkarzinom; Teilprojekt: Validierung der Biomoleküle zur Beschichtung des Sensors

EML4-ALK-Fusionsproteine sind Biomarker beim nicht-kleinzelligem Bronchialkarzinom. Das Gesamtprojekt zielt darauf ab, einen diagnostischen Bio-Sensor zu entwickeln, mit dem gezielt diese Biomarker nachgewiesen werden können. Die Partner kümmern sich um 1. die Erzeugung von Biomolekülen (zum Nachweis der Biomarker) 2. den Bau der Sensoren (mit möglichst sensitiver Nachweisgrenze) 3. der Validierung und Testung des Systems (im klinischen Umfeld) BioCopy übernimmt dabei die Validierung und Verbesserung der Biomoleküle, mit denen die Biomarker nachgeweisen werden. Im Rahmen des Projektes werden hierbei Aptamere als diejenigen Biomoleküle verwendet, mit denen die Biomarker aus den klinischen Proben aufgereinigt und nachgewiesen werden sollen. Nach Erzeugung der Aptamere durch die Partner wird BioCopy diejenigen Aptamere identifizieren und validieren, die einen direkten Nachweis des Biomarkers EML4-ALK möglichst effizient und sensitiv erlauben. Damit wird dann eine erste Diagnostik aus dem Blut von Patienten ermöglicht. Im Projektverlauf werden die Partner einen primären Pool an Aptamer-Bindern erzeugen und BioCopy wird eine Hochdurchsatzmessung mit entsprechender Analytik realisieren, um möglichst effizient aus tausenden Aptamere diejenigen zu identifizieren und weiter zu optimieren, welche die gewünschten Eigenschaften für die Diagnostik aufweisen. Die entsprechenden Messungen sollen mit möglichst wenig Probenmaterial vorzugsweise Hunderte bis Tausende Aptamere in einem einzigen Versuch vermessen und vergleichen. Aus den erzeugten Daten werden dann molekulare Muster abgeleitet und vom Partner Vorhersagen über verbesserte Sequenzen mit noch besseren Bindeeigenschaften getroffen. Diese wird dann BioCopy nochmals vermessen, um so zu prüfen, ob eine weitere Verbesserung möglich ist. Solche hoch-spezifischen und hoch-effizienten Binder können dann in medizinischen Schnelltests eingesetzt werden.