Die Innosuisse ist eine öffentlich-rechtliche Anstalt des Bundes mit eigener Rechtspersönlichkeit. Ihre Aufgabe ist es, die wissenschaftsbasierte Innovation im Interesse von Wirtschaft und Gesellschaft zu fördern.
Innosuisse ist in ihrer Organisation und Betriebsführung selbstständig und führt eine eigene Rechnung. Der Bundesrat führt die Innosuisse mit strategischen Zielen. Diese sind aktuell auf die Botschaft zur Förderung von Bildung, Forschung und Innovation in den Jahren 2017-2020 abgestimmt. Die operative Umsetzung wird von der Innosuisse selbstständig verantwortet. Die Aufsicht des Bundesrates erfolgt durch die jährliche Überprüfung der Erreichung der strategischen Ziele auf Basis der Berichterstattung des Verwaltungsrates. Der Bundesrat hat dazu Indikatoren und Kennzahlen vorgegeben.
Als neue Förderagentur des Bundes für die wissenschaftsbasierte Innovation übernahm Innosuisse ab Anfang 2018 die Funktion der Kommission für Technologie und Innovation KTI.
