Die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter des Deutschen Archäologischen Instituts führen Forschungen auf dem Gebiet der Archäologie und ihrer Nachbarwissenschaften durch: Ausgrabungen, Expeditionen und andere Projekte im Inland, vor allem aber im Ausland.
Die Organisation des DAI spiegelt seinen Forschungsauftrag in der Verbindung regionaler Kompetenz und disziplinärer Expertise. Das DAI besitzt insgesamt elf größere Zweiganstalten: die Zentrale in Berlin, drei Kommissionen in Bonn, Frankfurt und München und sieben Abteilungen in Athen, Berlin, Istanbul, Kairo, Madrid und Rom.
Den Abteilungen und Kommissionen sind derzeit fünf Außenstellen in
- Teheran (Iran)
- Sana'a (Jemen)
- Bagdad (Irak)
- Damaskus (Syrien) und
- Peking (China) zugeordnet.
Weitere wichtige Standorte sind die nicht dauerhaft besetzten Forschungsstellen in Lissabon (Portugal) und Ulaanbaatar (Mongolei).
Einzelne Büros wie in Axum in Äthiopien und Grabungshäuser ergänzen die Formen weltweiter Forschungsinfrastruktur. Mit dem Deutschen Evangelischen Institut (DEI) in Jerusalem und Amman besteht eine Kooperation über eine gemeinsame Durchführung von Projekten. Seit 2005 ist das DEI "zugleich Forschungsstelle des Deutschen Archäologischen Instituts". Insgesamt kann das DAI durch anpassungsfähige Strukturen und Forschungsprogramme auf neue wissenschaftliche und kulturpolitische Herausforderungen jeweils aktuell reagieren.